קישורים פנימיים הם קישורים בתוך אתר. בניגוד לקישור חיצוני המקשר מאתר אחד אל אתר אחר הרי שקישור פנימי הוא קישור בתוך אתר המקשר בין דפים שונים.
אפשר שחשיבותם של קישורים פנימיים נמוכה מחשיבותם של קישורים חיצוניים מבחינת ערכי ה PR של האתר אולם גם לעריכה נכונה של קישורים פנימיים חשיבות רבה. לשיטת ה PR קישורים חיצונים מעידים על חשיבות האתר. קישור הוא הצבעת אימון, וכמו שכבר נאמר ואומץ ע"י מייסדי גוגל מיליארד קישורים אינם טועים. עלייה וקוץ בה- אם אין באתר שלך איזשהי אמירה נדירה ומיוחדת שרבים ירצו להתחבר אליה, להשיג הרבה קישורים חיצוניים (קישורים נכנסים אל אתרך) הוא דבר קשה ומפרך, גוזל זמן/כסף.
לעומת זאת, קישורים פנימיים הם בשליטתך המלאה, הם פשוטים לביצוע ודורשים מעט מאד זמן. קישורים פנימיים הם אותם קישורים בתוך האתר המובילים את הגולש וגם את מנועי החיפוש מדף לדף.
תפריטי האתר גם הם בעצם קישורים פנימיים.
נוכל להשתמש באפשרות של קישורים פנימיים בצורה יותר עשירה ויעילה ולהוסיף על הקישורים הפנימיים המובנים מאליהם של תפריטים גם קישורים מתוך הטקסט עצמו אשר בתוך הדפים- ממש מתוך התוכן והפסקאות של תכני האתר.
קישורים פנימיים מאפשרים להרחיב טווח מילות החיפוש המפנות לעמוד מסוים קישורים פנימיים מתוך דף שכבר נסרק ע"י מנועי החיפוש יסייעו לגולשים וגם לזחלנים של מנועי החיפוש לאתר ולחדור לדפים שטרם נסרקו ונמצאים במעבי האתר. לדוגמא עמודים שנמצאים בתוך קטגוריה ואינם נמצאים ברמה הראשונה של הניווט באתר. קישורים פנימיים מתוך הטקסט מעשירים את חווית הגלישה ונותנים לגולש תחושה שכול המידע נמצא בהישג יד
מומלץ לעבור על הטקסטים של האתר, ובכל מקום בו מוזכר נושא, או מילת מפתח שרלוונטית לעמוד אחר בתוך האתר להפוך אותם לקישורים פנימיים אל הדף באתר העוסק באותו נושא.